Bis auf die oberirdischen Bahnhöfe Studentenstadt, Freimann, Kieferngarten, Fröttmaning, Garching-Hochbrück (alle U6) sowie Neuperlach Süd (U5) liegen alle Bahnhöfe als Tunnelbahnhöfe in mindestens einfacher Tiefenlage. Die Bahnsteige haben in der Regel eine Länge von etwa 120 Metern. Eine Ausnahme bildet lediglich der Bahnhof Goetheplatz, der wegen seiner ursprünglichen Planung in den 1930er Jahren anders ausgeführt wurde.
Alle Bahnhöfe wurden mit einem taktilen Rillenband vor der Bahnsteigkante ausgestattet, neuere Bahnhöfe verfügen über ein komplettes taktiles Leitsystem von den Liften und Treppen zum Bahnsteig. Für die Nachrüstung aller Bahnhöfe damit wurde den Stadtwerken 1996 der Integrationspreis des Bayerischen Blindenbundes verliehen. Am Hauptbahnhof erinnert an Gleis 1 in Höhe des nördlichen Zugzielanzeigers eine Inschrift am Boden daran.
Die Kreuzungsbahnhöfe Scheidplatz und Innsbrucker Ring sind viergleisig ausgeführt, die beiden Verzweigungsbahnhöfe Hauptbahnhof und Münchner Freiheit sowie die Bahnhöfe Olympiazentrum, Kieferngarten und Fröttmaning ebenfalls. Am Kieferngarten befindet sich die Einfahrt zur Technischen Basis, am Olympiazentrum und in Fröttmaning wird wegen hohem Fahrgastandrang bei Großveranstaltungen diese höhere Kapazität benötigt.
Die Mehrzahl der Bahnhöfe verfügt über mindestens zwei voneinander getrennte Zugänge, alle Bahnhöfe sind zudem über Fahrtreppen, Rampen oder Aufzüge barrierefrei erreichbar. Ab den 1980er-Jahren wurden alle Bahnhöfe mit dem Bau bereits derartig ausgestattet, ältere Bahnhöfe wurden nachgerüstet, zuletzt der Bahnhof Freimann. Die Bahnsteighöhe beträgt 91 (frühe Bahnhöfe bis in die 1980er Jahre) bzw. 96 cm (spätere Bahnhöfe) über Schienenoberkante, was ein rasches Zusteigen in die ebenso hohen Züge ermöglicht.
Die meisten Bahnhöfe verfügt ferner über einen Kiosk oder andere Verkaufsstände im Sperrengeschoss und teilweise auch auf dem Bahnsteig. In weiteren Betriebsräumen sind technische Betriebsanlagen untergebracht, etwa Gleichrichterwerke zur Stromversorgung oder Stellwerkstechnik. Häufig sind in den Bahnhöfen auch Toiletten vorhanden.
